根据《中华人民共和国个人所得税法》第八条：“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”的规定，税务机关以实质重于形式的原则判定该公司负有扣缴税款的义务，并根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条：“扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款”的规定对该公司进行了处罚，税务部门在此提醒各位纳税人应严格履行税法规定的扣缴义务，以免产生严重的涉税风险。