假如我们公司个人与单位缴纳的公积金超限额部分，申报个人所得税时系统只能抵扣限额部分，那么超限额部分是个人与单位的都要并入工资申报，还是只并入单位超限额的部分？

依据您的描述，单位和个人超限部分均需要并入工资薪金，计征个人所得税。

《基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策》（财税〔2006〕10号）：

二、根据《住房公积金管理条例》、《建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（建金管〔2005〕5号）等规定精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。

单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。